El principio rector de la formación de investigadores en el DOCSER se sintetiza en la expresión "se aprende a investigar, investigando". De ahí que el programa vigente subraya la estrecha relación entre la experiencia y la reflexión teórica que surge del conocimiento científico de la realidad.

El DOCSER está orientado por las inquietudes, enfoques y proyectos de los investigadores del Centro de Estudios Rurales, que se expresan en las siguientes líneas de investigación:

• Historia agraria, territorio y patrimonio cultural. Estudia las relaciones entre tiempo, espacio y sociedad, buscando esclarecer la formación de horizontes históricos que han caracterizado regional y localmente la organización social y territorial de México, las transformaciones de los sistemas agrarios, las condiciones socioculturales que inciden en la formación de identidades étnicas, políticas y religiosas, así como en los procesos de patrimonialización. Profesores: Dr. Esteban Barragán, Dra. Nícola María Keilbach, Dr. J. Luis Seefóo, Dr. Yanga Villagómez
• Sociedad, medio ambiente y salud. Estudia los nexos y mediaciones (sociales, políticas, económicas; culturales, ecológicas y tecnológicas) que existen en la relación sociedad-naturaleza, con el fin de explicar el uso y manejo de los recursos naturales, las formas de apropiación y gestión de los mismos, la producción de alternativas para el desarrollo sustentable, el impacto que generan las actividades humanas sobre el medio ambiente y la calidad de vida. Profesores: Dr. Esteban Barragán, Dra. Nícola María Keilbach, Dr. J. Luis Seefóo, Dr. Yanga Villagómez
• Migración, movilidades y diásporas. Estudia las dinámicas que intervienen en la construcción de la movilidad, en la formación de comunidades transnacionales y en las variables sociales, políticas, religiosas, culturales, económicas, ambientales, emocionales, educativas, generacionales que de alguna manera se relacionan con las movilidades. En este contexto se analizan las respuestas de contacto y diferencia, límites y traspasos, cooperación y conflicto, resistencia y ruptura en torno a la formación y recomposición de identidades. La movilidad de personas, ideas, mercancías, información y otros tipos de bienes materiales y simbólicos son algunos de los referentes empíricos de esta línea de investigación. Profesores: Dr. Gustavo López
• Perspectivas políticas del desarrollo rural y de los movimientos sociales. Perspectivas políticas del desarrollo rural y de los movimientos sociales. Investigamos los procesos de formación y redefinición tanto de los distintos actores o sujetos sociales y sus instituciones (organizaciones indígenas, asociaciones de migrantes u otras similares) que participan en las disputas sobre formas de organización política y desarrollo rurales, como de los diferentes espacios o ámbitos de interacción política en donde ocurren (ayuntamientos, ejidos y el congreso federal por mencionar algunos). Otros ejes de interés, vinculados con las identidades sociales y perspectivas diferenciadas de tales actores, son las luchas por realizar proyectos de orden social, gobierno y desarrollo regional en el marco de las relaciones de poder, dominación o resistencia entre y al interior de organismos del Estado, élites regionales, organizaciones formales (étnicas, partidistas, gremiales, eclesiales, etc.) y poblaciones rurales no formalmente organizadas. Ponemos énfasis en las complejas articulaciones de estudios regionales y locales con investigaciones sobre amplios procesos nacionales o globales. Profesores: Dr. Sergio Zendejas Romero.
• Subjetividad e identidades cambiantes. En la Subjetividad como campo de conocimiento, confluyen diversas miradas (teóricas y metodológicas) para analizar experiencias de vida cotidiana y sistemas de representaciones simbólicas; ambos generados por actores sociales para dar sentido y dirección a sus procesos de identidad, pero también para transformarlos. La Subjetividad propone un acercamiento al estudio de lo social desde el punto de vista del actor y de los contextos en donde se observan los procesos de significación que los individuos atribuyen a sus propias vivencias, prácticas y acciones. Esta línea de investigación está diseñada entre aproximaciones clásicas y vanguardistas, de corte disciplinario e interdisciplinario, a fin de permitir la exploración de los cambios del sujeto en el mundo contemporáneo. Entre estas transformaciones se contemplan, a manera de ejemplo: las identidades basadas en el arraigo y las que se están forjando en la movilidad espacial de los individuos; las concepciones de sexualidad y género que desembocan en nuevas miradas del sujeto, como las expuestas en la teoría queer; y las que vinculan cuerpo, saber y creencia religiosa en la emergencia de actores sociales que buscan alternativas a los procesos de salud y enfermedad. Profesores: Dr. Víctor Manuel Ortiz Aguirre, Dr. Miguel Jesús Hernández Madrid.