El Centro de Estudios Arqueológicos cuenta actualmente con 10 profesores investigadores de tiempo completo más uno auspiciado por una Cátedra CONACYT, que dirigen uno o más proyectos.

La investigación que se lleva a cabo guarda estrecha relación con las Líneas de generación y aplicación del conocimiento que articulan el Programa de Maestría en Arqueología. Dichas líneas fueron definidas a partir de tres objetivos generales:

• Contribuir al conocimiento, a la explicación y a la caracterización de la complejidad social en las sociedades del pasado, con énfasis en el Occidente de México;
• Contribuir al entendimiento, explicación y caracterización de las dinámicas económicas para la producción en distintas escalas y temporalidades, así como sus huellas en el paisaje cultural; y
• Contribuir a analizar, entender y fomentar el compromiso entre la sociedad actual con el patrimonio arqueológico e histórico mediante el establecimiento de canales de vinculación social.

Las LGAC son áreas de especialidad conformadas por los profesores investigadores y sus respectivos proyectos de investigación, con objetivos y metodologías comunes.

Cada LGAC ha conformado una sólida infraestructura académica (grupos de trabajo, relaciones interinstitucionales, redes académicas, entre otras).

En el desarrollo cotidiano, cada profesor integrante de las LGAC tiene resultados en los rubros establecidos por nuestra institución: investigación, docencia, vinculación, difusión y divulgación.

Entre los resultados académicos de las LGAC están los egresados del posgrado, cuyas investigaciones de tesis son congruentes con los objetivos y las metodologías establecidos por cada una.

Todos los proyectos que integran actualmente cada una de las LGAC, cuentan con el reconocimiento académico interinstitucional (principalmente por el CONACYT); algunos tienen financiamiento de instancias internacionales (ver CVs del núcleo académico básico) y algunos asimismo de otras instancias, como las autoridades municipales y estatales.

El marco de acción de la investigación en el CEQ, está directamente relacionada asimismo con la vinculación interinstitucional, lo que permite participar activamente con otras instancias en distintos rubros.