Con el objetivo de descentralizar la investigación científica y crear focos de desarrollo académico al interior de la República mexicana, el historiador Luis González y González fundó El Colegio de Michoacán el 15 de enero de 1979 en la ciudad de Zamora, localidad ubicada en el noroeste del estado michoacano.

Originalmente el Colegio contó con dos centros: Estudios Antropológicos y Estudios Históricos. En 1981 y 1983 se sumaron los centros de Estudios Rurales y Estudio de las Tradiciones, respectivamente.

En 2001, el COLMICH se extendió a la cercana población de La Piedad, donde estableció el Centro de Estudios Arqueológicos y al año siguiente, ahí mismo, se creó el Centro de Estudios de Geografía Humana. En 2009, en la misma extensión de la ciudad piadense, se instaló el Laboratorio de Análisis y Diagnóstico del Patrimonio (LADiPA).